Nginx: защита и блокировка доступа к .htaccess, скрытым файлам

location ~ /\. {
	deny all;
}

Так будет блокировать все запросы к файлам, начинающимся с точки, например .git, .htaccess, .htpasswd, но есть одно НО, для тех кто использует free SSL, генерируется каталог (для верификации), такой .well-known, для него делаем исключение вторым правилом:

location ~ /\.well-known\/acme-challenge {
	allow all;
}